Layla Hassan, une employée d’Abstergo, est envoyée à la recherche d’artefacts en Égypte, aidée à distance par sa collègue et amie Deanna Geary. Elle découvre les momies de deux précurseurs des Assassins et décide, sans en avertir sa hiérarchie, de mettre de côté sa mission pour explorer leurs mémoires génétiques, espérant ainsi évoluer au sein d’Abstergo et rejoindre le programme Animus.
Et c’est ainsi que le joueur ce retrouve en 49 av J.-C, dans la peau de Bayek le Medjaÿ. Bayek cherche à venger la mort de son fils, une quête qui le mènera au centre d’une bataille de pouvoir entre Ptolémée et Cléopâtre.
Prendrez-vous part à cette quête qui a vu naître la Confrérie ?
